Rurouni Kenshin narra las aventuras de Kenshin Himura, un antiguo y temido asesino conocido como Hitokiri Battousai. Tras la Restauración Meiji, Kenshin abandona su sangriento pasado y se convierte en un vagabundo, decidido a proteger a los débiles y redimirse de sus viejos pecados con la promesa de nunca más matar. Durante sus viajes, Kenshin llega a Tokio y se encuentra con Kaoru Kamiya, la apasionada instructora de un dojo de kendo, quien le ofrece refugio en su escuela.

A medida que se establece en Tokio, Kenshin forma un lazo con Kaoru y otros personajes entrañables como Sanosuke Sagara, un peleador callejero de gran corazón; Megumi Takani, una médica con un oscuro pasado; y Yahiko Myojin, un joven huérfano que aspira a convertirse en un gran espadachín. Juntos, enfrentan diversos retos y enemigos, tanto del pasado de Kenshin como nuevas amenazas que surgen en la nueva era Meiji.

La trama se centra en el viaje de redención de Kenshin mientras lucha por mantener su promesa de no matar. A lo largo de la serie, se revelan detalles de su vida anterior como asesino y los conflictos internos que enfrenta al tratar de conciliar su deseo de proteger a sus seres queridos sin recurrir a la violencia mortal. La serie también explora la transformación de Japón durante la era Meiji, un período de grandes cambios sociales y políticos, y cómo estos cambios afectan a los personajes.

Los enemigos que Kenshin enfrenta son tan variados como formidables, incluyendo a antiguos colegas y adversarios como Makoto Shishio, un villano que busca derrocar al gobierno Meiji. A través de intensos combates y emotivos encuentros, Kenshin y sus amigos deben luchar por la justicia y la paz en un mundo que aún está en transición.