La historia de Witch Watch se centra en Morihito Otogi, un joven que posee la fuerza de un ogro, una característica que lo hace destacar entre sus compañeros. Su vida da un giro inesperado cuando se encuentra viviendo bajo el mismo techo que su amiga de la infancia, Niko Wakatsuki, quien está en pleno entrenamiento para convertirse en una bruja poderosa. Sin embargo, Niko tiene un pequeño inconveniente: su magia es tan impredecible como peligrosa, lo que a menudo resulta en situaciones caóticas y cómicas.