Dr. Stone arranca con un evento misterioso que petrifica a toda la humanidad, atrapando a las personas en piedra durante miles de años. Senku Ishigami, un genio científico, despierta en este mundo convertido en piedra, decidido a revivir la civilización usando el poder del conocimiento científico.

Despertando también a su mejor amigo, Taiju Oki, Senku se embarca en la misión de descubrir el origen de la petrificación y encontrar una forma de revertirla. A lo largo de su viaje, se encuentran con otros sobrevivientes, algunos que se convierten en valiosos aliados y otros que se oponen a sus ideales, convirtiéndose en enemigos peligrosos.

Uno de los primeros grandes desafíos es Tsukasa Shishio, un poderoso adversario que cree en la creación de un nuevo mundo sin tecnología ni corrupción. Este conflicto marca el inicio del «Arco de la Batalla de Piedra», donde Senku y sus amigos deben enfrentarse a Tsukasa y su Imperio de la Fuerza.

Con el tiempo, el equipo de Senku logra desarrollar tecnologías avanzadas, desde la creación de electricidad y medicamentos hasta la construcción de dispositivos de comunicación. Cada invento marca un nuevo arco en la serie, como el «Arco de la Nación del Petróleo» y el «Arco de la Luna», donde buscan descubrir el origen extraterrestre de la petrificación.

A través de ingeniosos inventos y colaboraciones estratégicas, Senku y su grupo trabajan para reconstruir la sociedad. La serie combina aventura, acción y comedia, celebrando el ingenio humano y los avances científicos. Frente a múltiples desafíos y enemigos, Senku y sus amigos luchan por revivir la civilización y construir un futuro brillante, siempre impulsados por el entusiasmo y la pasión por la ciencia de Senku.