En Fate/Samurai Remnant, la historia se desarrolla en el Japón del período Edo, combinando acción y magia en una guerra por el Santo Grial, un objeto que concede deseos. Los participantes, conocidos como Maestros y Servants, luchan en una competencia mística llamada «Waxing Moon Ritual.»

El protagonista, Miyamoto Iori, es un ronin (samurái sin amo) que se convierte en un «Master» (Maestro) en esta guerra. Su Servant es Miyamoto Musashi, quien en el juego aparece como una Berserker femenina. Aunque Musashi era históricamente un espadachín masculino, en el juego se le presenta como una poderosa guerrera con habilidades intensas. Otro personaje importante es Sasaki Kojirou, conocido como «False Assassin» en Fate/stay night. Kojirou también juega un rol crucial en Fate/Samurai Remnant y actúa como uno de los mentores de Iori, siendo famoso por su rivalidad histórica con Musashi.