ZOIDS sigue a Van Flyheight, un joven piloto en el planeta Zi, que descubre a Fiona, una chica con amnesia, y a Zeke, un Organoid que puede fusionarse con Zoids para mejorar sus habilidades. Los Zoids son enormes mechas con formas de animales basados en antiguos fósiles de criaturas, utilizados como armas en la guerra entre la República de Helic y el Imperio de Guylos. Van, Fiona y Zeke buscan pistas sobre el pasado de Fiona mientras enfrentan a diversos enemigos, incluyendo al temible piloto Raven. A lo largo de sus aventuras, descubren secretos antiguos sobre los Zoids y los Organoids, enfrentando desafíos que pondrán a prueba su valentía y amistad.